仙游文庙，原称孔子庙，距今已有1281年历史，是莆田市保存最好的一个，也是全省四个孔子庙之一。它的诞生与盛唐大兴儒学相关。当时，唐太宗诏令全国各州县设立孔子庙。我县于唐开元二十六年（738年），即置清源县后39年，奉命在县城西处——功建里先圣庙内（今实幼校园城隍庙前身），始设儒学，初名清源县学，亦名功建庙学，实行庙儒合一，礼学并举，为我县古代最早学府。

《仙游县志》记载：“宋咸平五年（1002年），县尉段全迁建县署南（今址），前为壁，塑像先哲逮（及）四科贤人，后为堂，左右为廊……”庆历八年（1048年）、元祐九年（1094年）相继重建。宋宣和七年（1125年），朝廷废除儒学，我县庙学一度沦为地方军器制造所。宋绍兴九年（1139年），广东肇庆府太守陈可大(仙游人)曾捐资修建庙学，知县谢天民助之置学田35.5亩，后增至100多亩。乾道中（116年5-1173年），县令赵公绸重修，曰“尊道”作讲堂用，当朝著名书法家米芾书额。庙学前有两亭：一曰：“新亭”、一曰：“中鹄亭”。还有下马牌，再前面有广阔的武场，作为士子练习骑射之用。南宋淳熙时（1174年-1189年），庙学重修时正殿改称大成殿。两旁扩建明伦、忠告、笃志、懿文、宣德、诚意六个斋所，作为当时士子读书之处。宁宗嘉定年间（1208年-1224年）庙学扩建大成门。元至正二十年（1360年），庙学损毁于战乱，知县伊任兴虽有修整，但难复旧观。

明洪武元年（1368年），知县周从善，改“尊道堂”为“明伦堂”东西两廊号房名，东曰：仁、义、礼、智、信；西曰：温、良、恭、俭、让。洪武二十六年（1393年），教谕潭子敬于明伦堂后建文昌阁。永乐年间（1403年——1424年），依制改孔子庙为文庙。清康熙年间，尊孔子为“至圣先师”，续称文庙。宣德八年（1434年），县令王彝修葺文庙比较完整，大成殿恢复旧貌。正德九年（1514年），知县范珪建名宦祠与乡贤祠并列。清雍正、康熙两朝，邑绅徐万安兄弟和知县陈兴祚，将大成殿和大成门的四对木柱换上龙雕大石柱，并对文庙进行一次全面的艺术整修。民国初期至解放前夕，文庙先后被利用作为海疆大学校址和中小学校舍、政干所所址、县参议会会址等。

1980年9月，文庙被列为县级文保单位，同时兼设县博物馆。1985年10月，省文化厅拨款30万元，建山门，筑围墙，铺石埕、挖旧池造新桥等。1996年9月2日，文庙被列入省级文保单位。1998年，“三忠馆”被拆掉，恢复庙前广阔操场和燕池（池中有亭）。2009年，为进一步完善功能和收回被工商局等单位占用的土地，文庙又一次大规模地全面地进行艺术整修，还挂牌成立“仙游文庙修复董事会”。这次政府拨款，多方筹资计1000多万元。在县文体局协作下，经董事长严明训、陈金敏及尹庆发等全体成员的努力，保存明清古建筑风格，新增内容，占地10亩，绿化面积500平方米，有亭、台、殿、阁、堂、祠、廊、榭、池、桥等，构成一个规模壮观、金碧辉煌的古建筑群，焕发青春，更具魅力。于2013年3月5日，被列入国家级重点文物保护单位。